Studia drugiego stopnia, to studia magisterskie, trwające 3 semestry i będą prowadzone od roku ak. 2009/2010. Studia II stopnia kończą się obroną pracy dyplomowej (magisterskiej) i uzyskaniem tytułu zawodowego magistra inżyniera

Celem kształcenia na kierunku Zootechnika jest przekazanie absolwentom gruntownej wiedzy z zakresu chowu i hodowli zwierząt, oceny surowców pochodzenia zwierzęcego, podstaw produkcji roślinnej, projektowania produkcji, organizacji pracy w przedsiębiorstwie rolniczym, kierowania zespołami ludzkimi oraz podstaw prawa w zakresie działalności gospodarczej. Nieodłącznym elementem kształcenia jest opanowanie języka obcego, szczególnie w zakresie terminologii specjalistycznej z zakresu rolnictwa i zootechniki, a także umiejętności posługiwania się technikami komputerowymi w zakresie tworzenia komputerowych baz danych.
Efektem kształcenia jest przygotowanie absolwenta do pracy zawodowej w rolniczych i hodowlanych gospodarstwach rodzinnych, przedsiębiorstwach hodowlanych, zakładach spółdzielczych, ośrodkach doradztwa rolniczego, szkolnictwie rolniczym, placówkach naukowo-badawczych, przedsiębiorstwach produkcji pasz, administracji państwowej i samorządowej, oraz wielu innych instytucjach szeroko pojętej obsługi rolnictwa.